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生信分析，凡事先看论文，有了论文就有了参考，后续分析就有底了，直接上硬菜开干：
PCycDB: a comprehensive and accurate database for fast analysis of phosphorus cycling genes - PubMed
数据库及部分分析代码github库：
GitHub - ZengJiaxiong/Phospho…大背景介绍
生信分析，凡事先看论文，有了论文就有了参考，后续分析就有底了，直接上硬菜开干：
PCycDB: a comprehensive and accurate database for fast analysis of phosphorus cycling genes - PubMed
数据库及部分分析代码github库：
GitHub - ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database: This is a comprehensive database for fast and accurately analyzing the phosphorus cycling genes. 磷循环基因库介绍Phosphorus-cycling-database (PCyCDB)：
磷循环数据库 （PCyCDB），包含 138 个基因家族和 10 个代谢过程。将同源基因添加到数据库中，以降低假阳性率。通过识别已知的模拟基因数据集和模拟细菌群落，对序列相似性搜索工具（如BLAST、USEARCH、DIAMOND）生成的比对结果进行过滤的标准（即身份、命中长度）进行了细化，以获得最佳准确性并进一步减少假阳性和假阴性。在70%的同一性和25个氨基酸的截留点下，准确率、PPV、灵敏度、特异性和NPV分别为99.76%、95.70%、99.94%、99.74%和99.99%。重要的是，编码细胞内磷代谢过程的基因被添加到PCyCDB中，这应该有助于研究人员不仅拓宽对地球化学磷循环的见解，而且扩大对微生物磷代谢的见解。
作者对数据库的介绍：
这是磷循环数据库的新版本（PCycDBv1.1）。在Lidbury博士（英国谢菲尔德大学动植物科学系）的帮助下，我们检索了许多重要的磷循环基因（PCG），包括glpQ（细胞质甘油磷酸二酯磷酸二酯酶）、glpT（甘油-3-）基因磷酸盐通透酶）、ushA（5'-核苷酸酶）、phnD_phosphite（可能的 ABC 转运蛋白亚磷酸盐结合蛋白）、ptxABC（可能的亚磷酸盐转运系统）、htxB（推定的特异性次磷酸盐转运蛋白）、ptxD（NAD：亚磷酸盐氧化还原酶/亚磷酸盐脱氢酶）、htxA （次磷酸盐/2-酮戊二酸双加氧酶）、pbfA（磷酸盐分解因子 A）、pafA（磷酸盐不敏感磷酸单酯酶）、aepXVW、aepP 和 aepS（三种新型 2-氨基乙基磷酸盐转运蛋白）。此外，我们还纳入了在约氏黄杆菌 DSM2064 中鉴定的两个 phoA 基因（碱性磷酸酶）（Fjoh_3187 和 Fjoh_3249）。
基因库直接下载链接，v1.1版：
https://github.com/ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database/releases/download/untagged-5a0f44fdf33412c5d1d3/id2genemap.txt
https://github.com/ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database/releases/download/untagged-5a0f44fdf33412c5d1d3/PCycDBv1.1.faa
数据库准备
下载数据库
# 直接克隆整个仓库
git clone https://github.com/ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database.git# 下载基因idmaping库
wget -c https://github.com/ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database/releases/download/untagged-5a0f44fdf33412c5d1d3/id2genemap.txt
wget -c https://github.com/ZengJiaxiong/Phosphorus-cycling-database/releases/download/untagged-5a0f44fdf33412c5d1d3/PCycDBv1.1.faa### 查看id2genemap文件内容
head id2genemap.txt
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260599187 lysR COG
560158809 lysR COG
15832950 lysR COG
296104502 lysR COG
455738413 lysR COG
126640099 lysR COG
71907275 lysR COG
386742586 lysR COG
197284247 lysR COG### fasta文件内容
head PCycDBv1.1.faa
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MLLQQGLLSNKPAPFFSIKSSLMYSSKFSSSVSLTSVKSNIHPFISCKTSIEAHNSSIKSENLPVHGVSEKIVGVLGGGQLGRMLCQAASELAIKIAILDPSQNCPASSLAYYHMVGSFDDSATVEEFAKRCGVLTVETEHVDVATLDKLEQQGVDCEPKASTIRIIQDKYLQKSHFSRLGIPLPKFMEIDSVESARRAGELFGYPLMIKSKRFAYDGRGNAVAKGEEDLSSAVAALGGYERGLYVEKWAPFVKELAVIVARGRDNSILCYPVVETIHKENICHIVKAPAVVPWKVRKLANDVAHKAVSSLEGAGVFAVELFLTEAGEILLNEVAPRPHNSGHHTIESCYTSQYEQHLRAVVGLPLGDPSMKTTAAIMYNILGEDEGEPGFLLAHEFMRRSLTVPGASVHWYDKSEMKRQRKMGHITIVGSSMGIVEGHLKSLLKQDKTDGAISARVGIIMGSDSDLPVMKDASRILDMFGVEHEVRIVSAHRTPEMMFTYAKSAWERGIQVIIAGAGGAAHLPGMVAALTPVPVIGVPVRGSSIDGLDSLLSIVQMPRGVPVATVAINNATNAGLLAVRMLGVGDSDLKSRMAQYLEDARDEVLVKADRLHKDGWEVYLNT
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GRAAGPDDVPRGPPAQHNDALPRRLRPTLPRDAGRRHVRRRRRGPVADRRGLAPRRVEAQGALVGVRRGDDGDRARGRRRAGGAGEGGGERPAVEQGFWRDVCGCYVSDEYDWMSCNASVLGLGLWPGGKRKTTAKPRDELRGRKQEHFAGHSIPLPPYVNLPSVQSIHDAASRFGLPLMLKSRKGAYDGRGNTVLKSTDDAAVSSALSDLGLTESDLPNDALYAEGWIDFRSEVAVMVVRSTTGETRAYPATTAIQTDSICRVVLVPARNVAPDVRERCESVAMAAVDCLGDGATGVFGVELFLVNKPGGGLDVLLNEVAPRPHNTGHYTQDACAVSQFENHLRAVCGLPLGDTGLVVGAAAMVNVLGAPSGGIEETMKGVNAAMTMPRTSVHWYGKGYRAGRKMGHINVTADSHAELDGPLSKLLAAESIDENVIPEDGRIGTNPLVGVIMGSQSDLPTMSDAVKILKEFGIPHEVDIVSAHRTPEKLMTYSRSAAGRGIQVIIAGAGGAAHLPGMVAAMTPLPVVGVPIKTSTLNGQDSLLSIVQMPRGVPVATVAIGNATNAGLLAVRSLCASRPGLRAKMEEYQLKMKEAVDANSSTLLELGCDEFLSMLPNKNKAVNV
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MST
