在线代理网址,网站优化文章,先进网站建设有哪些,wordpress的静态页面目标#xff1a;将现有R程序打包
可能涉及知识点#xff1a;devtools包、usethis包、Rstudio软件 一、R包的类型
通常一个R包中包含以下元素#xff1a;
1#xff09;R文件夹#xff1a;函数代码
2#xff09;man文件夹#xff1a;存放每个函数的注释文件
3#x…目标将现有R程序打包
可能涉及知识点devtools包、usethis包、Rstudio软件 一、R包的类型
通常一个R包中包含以下元素
1R文件夹函数代码
2man文件夹存放每个函数的注释文件
3DESCRIPTION文件描述文件描述该包的相关信息包括名称、开发者等
4NAMESPACE文件命名空间文件描述该包与其他包的依赖关系比如用到了其他包的函数
5LICENSE文件许可证文件
通常使用的R包通常分为Source Package和Binary Package两种
Source Package源代码包可跨平台使用安装时有编译步骤
Binary Package二进制代码包不同平台不通用安装时无编译步骤
两者解压后的文件不同比如R文件夹下的内容Source Package的R文件夹包含源码R文件Binary Package的R文件夹下是解析后的文件。两者安装后函数功能不会有差异。 二、devtools包
devtools包是一款用于R包开发的工具。其功能包括创建、更新、安装、检查等。
详见官网Tools to Make Developing R Packages Easier • devtools
常用函数
devtools::load_all()模拟安装和加载R文件夹中的所有函数默认路径为当前文件夹
devtools::document()更新man文件夹的注释以及‘NAMESPACE’文件
devtools::check()在本地检查和构建包输出可能存在问题
devtools::install_github()从github安装包 三、usethis包
usethis包是一个工作流包用于自动化处理项目设置和开发过程中出现的重复任务R包或者非R包项目在创建R包时常与devtools一起使用。
详见官网Automate Package and Project Setup • usethis
常用函数
usethis::create_package()创建一个R包生成R文件夹、DESCRIPTION文件等内容
usethis::use_mit_license()使用MIT的许可证会更新DESCRIPTION文件中的许可证信息 四、Rstudio软件生成包
Rstudio可通过一系列操作完成devtools和usethis的工作比如构建包时便调用了devtools::build()
步骤
1、新建Rstudio项目-“R Package”填写包名称、工程文件夹路径此步骤会在指定目录下生成R包的相关要素包括R文件夹、man文件夹、DESCRIPTION文件等以及工程文件.Rproj等。 2、在DESCRIPTION文件中添加该包的相关信息包括包名称、开发者等。 其中许可证License可使用usethis添加比如usethis::use_mit_license()。依赖项Imports可使用usethis::use_package()添加此处引用了e1071和pROC两个包。
3、在R文件夹中添加R脚本文件其中放入定义的函数这些函数可放在一个或者多个R文件中。默认生成该文件夹时会自带一个示例R文件删去即可。
4、在每个定义的函数内插入注释补充函数说明信息。具体地将光标放在某个函数内在Rstudio工具栏中“Code”-“Insert Roxygen Skeleton”会在该函数前生成注释字段需要手动输入方法名称、参数含义等内容。
下图给出一个定义的读取数据文件的函数的说明 Title 处填写函数名称之后可填写函数相关描述。
param 字段后自动给出参数变量名可在其后添加参数说明此处一个参数fileName
return 字段后添加函数返回内容说明
export 字段使得该函数可被外部调用
importFrom 字段后标明此函数中引用关系比如此处使用了utils包中的read.csv函数
example 字段后可添加一个该函数的使用示例需定义有意义的变量而不是文本说明
此段说明内容对应于使用help查看该函数的说明文档时获得的内容。
5、执行devtools::document()更新函数文档会在man文件夹下为每个函数生成Rd文件即为上一步为每个函数添加的函数说明。同时会更新NAMESPACE文件函数注释中export 字段和importFrom 字段的内容都会出现在NAMESPACE文件中。
6、执行devtools::check()对包进行检查。会显示详细的errors、warnings、notes信息可根据这些信息进行修改。
7、点击Rstudio工具栏“Build”-“Build Source Package”或“Build Binary Package”构建不同类型的R包即在本地生成对应压缩包。
8、进一步地可使用devtools::build_manual()生成参考手册。前提是系统中有pdflatex可通过安装tex发行版本MiKTeX实现。安装MiKTeX后重新打开R包工程重新check。可能会提示“!pdfTeX error: pdflatex.EXE (file t1-zi4r-0): Font t1-zi4r-0 at 600 not found”此时以管理员身份运行cmd执行命令“initexmf –-mkmaps”重建映射重新check正常实际并没有单独安装该字体。执行devtools::build_manual()即可。
