建站宝盒成品网站演示,wordpress 熊掌号api,网站备案查询怎么查,建设网站一般用什么字体目录 1. 在线网站用例1. 使用json输入预测蛋白结构 2. 本地命令行2.1 运行示例2.2 AF3输入输入格式JSON兼容性JSON最外层#xff08;Top-level#xff09;结构序列多序列比对MSA结构模板键 用户提供CCDs 2.3 AF3输出 AlphaFold3#xff08;AF3#xff09;可以通过在线网站或… 目录 1. 在线网站用例1. 使用json输入预测蛋白结构 2. 本地命令行2.1 运行示例2.2 AF3输入输入格式JSON兼容性JSON最外层Top-level结构序列多序列比对MSA结构模板键 用户提供CCDs 2.3 AF3输出 AlphaFold3AF3可以通过在线网站或本地部署后使用。
在线网站即开即用但是每个账号每天只能跑20个任务适合普通学术用户。
本地部署对机器的配置要求高适合专业学术用户。 功能特性在线网站本地部署任务数限制每个账号每天限额20个任务无tokens长度限制和显卡内存相关输入网页表单/手动输入json输入更灵活的json输入不同于网站的json格式
1. 在线网站
AlphaFold3网站 目前支持两种输入方式一种是手动填写每个任务的输入另一种是将任务以json的格式上传后者更加适合批量任务。由于手动填写输入的方式简单本文不再赘述。下文主要演示json输入的用法。
用例1. 使用json输入预测蛋白结构
①根据输入文件准备json文件。 图1. 展示了json输入文件中的一个任务示例包括任务名name、随机种子modelSeed和蛋白序列sequence。本例中的蛋白序列包括4条待建模的序列s1-s4分别为TCR alpha, TCR beta, HLA, epitope。
②打开AlphaFold Server需要google帐号和科学上网上传json文件每个账号每天配额20个任务。 图2. 通过json上传任务。右图中绿色方框代表上传的任务解析成功。
③挨个检查、投递上传的任务。 图3. 依次投递任务。
④投递后运行中的任务可以通过In progress标签查看。 图4. 查看运行中的任务。
⑤下载已完成任务Completed或在网页上初步查看结果。 图5. 已完成任务的下载。
2. 本地命令行
2.1 运行示例
首先本地部署AF3机器配置和部署方法可参考《AlphaFold3中文安装教程》。
然后使用 JSON 输入文件以下演示了一个名为alphafold_input.json的json输入文件测试。
{name: 2PV7,sequences: [{protein: {id: [A, B],sequence: GMRESYANENQFGFKTINSDIHKIVIVGGYGKLGGLFARYLRASGYPISILDREDWAVAESILANADVVIVSVPINLTLETIERLKPYLTENMLLADLTSVKREPLAKMLEVHTGAVLGLHPMFGADIASMAKQVVVRCDGRFPERYEWLLEQIQIWGAKIYQTNATEHDHNMTYIQALRHFSTFANGLHLSKQPINLANLLALSSPIYRLELAMIGRLFAQDAELYADIIMDKSENLAVIETLKQTYDEALTFFENNDRQGFIDAFHKVRDWFGDYSEQFLKESRQLLQQANDLKQG}}],modelSeeds: [1],dialect: alphafold3,version: 1
}测试命令如下。
docker run -it \--volume $HOME/af_input:/root/af_input \--volume $HOME/af_output:/root/af_output \--volume MODEL_PARAMETERS_DIR:/root/models \--volume DATABASES_DIR:/root/public_databases \--gpus all \alphafold3 \
python run_alphafold.py \--json_path/root/af_input/fold_input.json \--model_dir/root/models \--output_dir/root/af_output2.2 AF3输入
输入格式
与网站的json输入格式不同AF3使用自定义json输入格式。定制的格式允许
指定蛋白质、RNA 和 DNA 链包括修饰残基。为蛋白质和 RNA 链指定自定义多序列比对MSA。为蛋白质链指定自定义结构模板。使用 CCD(Chemical Component Dictionary) 指定配体。使用 SMILES 指定配体。使用 CCD mmCIF 格式定义配体并通过用户提供的 CCD 提供配体。指定实体间的共价键。指定多个随机种子。
JSON兼容性
run_alphafold.py提供了一个转换器可通过检查 JSON 最外层top-level是否为列表来判定输入 JSON 的格式alphafoldserveralphafold3。如果检测到输入格式是alphafoldserver则将其转换为 alphafold3格式。
contents在线网站/serve本地/codebase转换规则(s-c)多个输入允许在单个 JSON 中指定多个输入每个 JSON 文件只有一个输入多聚糖不支持随机种子允许为空此时由系统随机指定要求用户指定一个随机种子离子将离子和配体视为不同的实体类型将离子视为一种配体序列 ID不允许为每个实体指定 id要求用户为每个实体指定一个唯一id
JSON最外层Top-level结构
{name: Job name, #任务名称被用于命名输出文件。modelSeeds: [1, 2], #随机种子整数列表提供n个n1种子获得n个预测结构。sequences: [{protein: {...}},{rna: {...}},{dna: {...}},{ligand: {...}}], #序列字典的列表每个字典定义一个分子实体。bondedAtomPairs: [...], #可选共价键合原子的列表。userCCD: ..., #可选用户提供的CCD。适用于SMILES不足自定义分子需要与其他实体结合RDKit无法生成构象。dialect: alphafold3, #输入JSON的风格必须设置为alphafold3。参考JSON兼容性。version: 1 #输入JSON的版本必须设置为1。
}序列
序列sequences指定蛋白链、RNA 链、DNA 链和配体。序列中的每个实体都必须有一个唯一ID。 蛋白链示例
{protein: {id: A, #一或多个大写字母指定该蛋白链每个拷贝的唯一 ID。将被用于输出 mmCIF 文件。指定 ID 列表如[“A”、“B”、“C”]意味着同源链有多个拷贝。sequence: PVLSCGEWQL, #氨基酸序列modifications: [{ptmType: HY3, ptmPosition: 1},{ptmType: P1L, ptmPosition: 5}], #可选翻译后修饰PTM列表每个修饰都使用 CCD 和 1-based 的残基位置来指定。unpairedMsa: ..., #可选该链的多序列比对使用 A3M 格式等同于FASTA但允许用-表示gap指定。pairedMsa: ..., #不推荐使用templates: [...] #可选结构模板列表。}
}RNA链示例
{rna: {id: A, #一或多个大写字母指定该 RNA 链每个拷贝的唯一 ID。将被用于输出的 mmCIF 文件。指定 ID 列表如[“A”、“B”、“C”]意味着同源链有多个拷贝。sequence: AGCU, #RNA 序列modifications: [{modificationType: 2MG, basePosition: 1},{modificationType: 5MC, basePosition: 4}], #可选修饰列表每个修饰都使用其 CCD 和 1-based 位置来指定。unpairedMsa: ... #可选 该链的多序列比对使用 A3M 格式指定。}
}DNA链示例
{dna: {id: A, #一或多个大写字母指定该 DNA 链每个拷贝的唯一 ID。将被用于输出的 mmCIF 文件。指定 ID 列表如[“A”、“B”、“C”]意味着同源链有多个拷贝。sequence: GACCTCT, #DNA 序列modifications: [{modificationType: 6OG, basePosition: 1},{modificationType: 6MA, basePosition: 2}] #可选修饰列表每个修饰都使用其 CCD 和 1-based 位置来指定。}
}配体示例 配体可通过 3 种不同格式指定。①CCD编码使用 2022-09-28 的 CCD。如指定了多个 CCD可能需要指定这些代码之间的键和/或与其他实体的键。②SMILES字符串这可以指定不在 CCD 中的配体。如果使用 SMILES则不能指定与其他实体的共价键因为这些键依赖于特定的原子名称。③用户提供的 CCD 自定义配体编码这可以指定 CCD 中没有的配体同时还支持指定与其他实体的共价键以及在 RDKit 无法生成构象时的备份参考坐标。
{ligand: {id: [G, H, I], # 一或多个大写字母指定该配体的唯一ID。也将被用于输出的 mmCIF 文件。指定 ID 列表如[“A”、“B”、“C”]意味着配体有多个拷贝。ccdCodes: [ATP] #可选CCD编码列表。可以是标准 CCD 编码或用户提供的 CCD 自定义编码。}
},
{ligand: {id: J,ccdCodes: [LIG-1337]}
},
{ligand: {id: K,smiles: CC(O)OC1C[NH]2CCC1CC2 #可选使用 SMILES 定义的配体。}
}多序列比对MSA
蛋白和RNA允许设置自定义MSA。如果没有设置数据管道将按照论文中的描述使用 Jackhmmer/Nhmmer在基因数据库中搜索自动构建MSA。
MSA有3种模式①推荐选项如果未设置unpairedMsa字段AF3将自动构建 MSA。②如果unpairedMsa字段设置为空AF3将不会构建MSA输入模型的MSA为空。③专家选项如果unpairedMsa字段设为自定义A3M字符串AF3将使用提供的MSA。
如果为蛋白设置了unairedMsa字段则必须明确设置pairedMsa字段通常为空字符串和templates可以是模板列表或空列表。 在设置自定义MSA时必须确保MSA 是有效的 A3M 文件第一个序列与查询序列完全相同如果删除 MSA hits 的所有插入序列则所有序列的长度与查询序列完全相等。
只有在折叠多链时MSA配对才有意义因为需要找到一种沿序列维度连接各条链MSA的方法。如果只是简单地沿序列维度连接单个 MSA 矩阵并进行填充以使所有 MSA 深度相同那么连接的 MSA 中可能会出现由来自不同生物体的序列组成的行。为了确保MSA同一行的序列来自同一生物体AF3 的方法是在pairedMsa中查找 UniProt organism ID并根据此信息对序列进行配对。 建议用户手动配对或使用适当软件的输出结果然后仅使用unpairedMsa字段提供 MSA。这种方法可以精确控制每个序列在 MSA 中的位置而不是依赖pairedMsa中名称匹配的后处理方法。
手动设置unairedMsa时pairedMsa必须保持未设置状态即JSON中没有pairedMsa关键字
结构模板
只能为蛋白指定结构模板。
templates: [{mmcif: ...,queryIndices: [0, 1, 2, 4, 5, 6],templateIndices: [0, 1, 2, 3, 4, 8]}
]模板被指定为一个 mmCIF 字符串其中包含一个结构模板链和一个0-based映射将查询残基索引映射到模板残基索引。映射使用两个相同长度的列表指定。 可以提供多个结构模板。注意如果提供的 mmCIF 包含一个以上的链则会出现错误因为无法确定哪个链应被用作模板。
键
未完待续。。。
用户提供CCDs
2.3 AF3输出 文章转载自： http://www.morning.bnrff.cn.gov.cn.bnrff.cn http://www.morning.mzcrs.cn.gov.cn.mzcrs.cn http://www.morning.kkjhj.cn.gov.cn.kkjhj.cn http://www.morning.rhkgz.cn.gov.cn.rhkgz.cn http://www.morning.fkffr.cn.gov.cn.fkffr.cn http://www.morning.ggnrt.cn.gov.cn.ggnrt.cn http://www.morning.kcxtz.cn.gov.cn.kcxtz.cn http://www.morning.fddfn.cn.gov.cn.fddfn.cn http://www.morning.0dirty.cn.gov.cn.0dirty.cn http://www.morning.snccl.cn.gov.cn.snccl.cn http://www.morning.gbgdm.cn.gov.cn.gbgdm.cn http://www.morning.ccyns.cn.gov.cn.ccyns.cn http://www.morning.dygqq.cn.gov.cn.dygqq.cn http://www.morning.nbhft.cn.gov.cn.nbhft.cn http://www.morning.wjqbr.cn.gov.cn.wjqbr.cn http://www.morning.jmmzt.cn.gov.cn.jmmzt.cn http://www.morning.bxqtq.cn.gov.cn.bxqtq.cn http://www.morning.jnhhc.cn.gov.cn.jnhhc.cn http://www.morning.xinyishufa.cn.gov.cn.xinyishufa.cn http://www.morning.zqdzg.cn.gov.cn.zqdzg.cn http://www.morning.pclgj.cn.gov.cn.pclgj.cn http://www.morning.gqjwz.cn.gov.cn.gqjwz.cn http://www.morning.vaqmq.cn.gov.cn.vaqmq.cn http://www.morning.plqqp.cn.gov.cn.plqqp.cn http://www.morning.fxwkl.cn.gov.cn.fxwkl.cn http://www.morning.fndmk.cn.gov.cn.fndmk.cn http://www.morning.sqhtg.cn.gov.cn.sqhtg.cn http://www.morning.mtymb.cn.gov.cn.mtymb.cn http://www.morning.nfpgc.cn.gov.cn.nfpgc.cn http://www.morning.yrflh.cn.gov.cn.yrflh.cn http://www.morning.kmwbq.cn.gov.cn.kmwbq.cn http://www.morning.pqwhk.cn.gov.cn.pqwhk.cn http://www.morning.qhydkj.com.gov.cn.qhydkj.com http://www.morning.nkjnr.cn.gov.cn.nkjnr.cn http://www.morning.zsyqg.cn.gov.cn.zsyqg.cn http://www.morning.trkhx.cn.gov.cn.trkhx.cn http://www.morning.hphqy.cn.gov.cn.hphqy.cn http://www.morning.ydxg.cn.gov.cn.ydxg.cn http://www.morning.ychoise.com.gov.cn.ychoise.com http://www.morning.wzwyz.cn.gov.cn.wzwyz.cn http://www.morning.rnqyy.cn.gov.cn.rnqyy.cn http://www.morning.sflnx.cn.gov.cn.sflnx.cn http://www.morning.ptwzy.cn.gov.cn.ptwzy.cn http://www.morning.cywf.cn.gov.cn.cywf.cn http://www.morning.wkrkb.cn.gov.cn.wkrkb.cn http://www.morning.qdxwf.cn.gov.cn.qdxwf.cn http://www.morning.shxrn.cn.gov.cn.shxrn.cn http://www.morning.mqgqf.cn.gov.cn.mqgqf.cn http://www.morning.qmsbr.cn.gov.cn.qmsbr.cn http://www.morning.ypbp.cn.gov.cn.ypbp.cn http://www.morning.lbcfj.cn.gov.cn.lbcfj.cn http://www.morning.qtqjx.cn.gov.cn.qtqjx.cn http://www.morning.rnngz.cn.gov.cn.rnngz.cn http://www.morning.gbcxb.cn.gov.cn.gbcxb.cn http://www.morning.tqsnd.cn.gov.cn.tqsnd.cn http://www.morning.xqxrm.cn.gov.cn.xqxrm.cn http://www.morning.rjkfj.cn.gov.cn.rjkfj.cn http://www.morning.qnwyf.cn.gov.cn.qnwyf.cn http://www.morning.gfrtg.com.gov.cn.gfrtg.com http://www.morning.nyplp.cn.gov.cn.nyplp.cn http://www.morning.xnltz.cn.gov.cn.xnltz.cn http://www.morning.qtzwh.cn.gov.cn.qtzwh.cn http://www.morning.gnlyq.cn.gov.cn.gnlyq.cn http://www.morning.npcxk.cn.gov.cn.npcxk.cn http://www.morning.jkszt.cn.gov.cn.jkszt.cn http://www.morning.bdypl.cn.gov.cn.bdypl.cn http://www.morning.cwnqd.cn.gov.cn.cwnqd.cn http://www.morning.pdmml.cn.gov.cn.pdmml.cn http://www.morning.llthz.cn.gov.cn.llthz.cn http://www.morning.pndhh.cn.gov.cn.pndhh.cn http://www.morning.zkqjz.cn.gov.cn.zkqjz.cn http://www.morning.csnmd.cn.gov.cn.csnmd.cn http://www.morning.xyjlh.cn.gov.cn.xyjlh.cn http://www.morning.txmkx.cn.gov.cn.txmkx.cn http://www.morning.ckfqt.cn.gov.cn.ckfqt.cn http://www.morning.sloxdub.cn.gov.cn.sloxdub.cn http://www.morning.hfxks.cn.gov.cn.hfxks.cn http://www.morning.kwz6232.cn.gov.cn.kwz6232.cn http://www.morning.ljllt.cn.gov.cn.ljllt.cn http://www.morning.jynzb.cn.gov.cn.jynzb.cn
