金坛网站建设,网站建设项目组织图,应用商店下载app软件,上海做网站哪家便宜《Nature Machine Intelligence》发表重磅评测#xff0c;系统评估AI与物理方法在虚拟筛选#xff08;VS#xff09;中的表现#xff0c;突破药物发现效率瓶颈。 核心评测体系#xff1a;三大数据集
研究团队构建了三个新型测试集#xff1a; TrueDecoy#xff1a;含14…《Nature Machine Intelligence》发表重磅评测系统评估AI与物理方法在虚拟筛选VS中的表现突破药物发现效率瓶颈。 核心评测体系三大数据集
研究团队构建了三个新型测试集 TrueDecoy含147个靶点活性分子与真实实验验证的低活性分子活性-非活性比例1:40模拟高挑战性筛选场景图a,c。 RandomDecoy活性分子取自TrueDecoy非活性分子随机选自商业库比例1:100或1:300贴近真实药物筛选图b,d。 MassiveDecoy扩展至700万分子库验证算法在大规模VS中的实用性。 AI与物理方法的对决
1. 对接准确性 AI工具CarsiDock(成功率86.4%)和KarmaDock(76.2%)在RMSD 2Å时超越所有传统方法。 物理方法LeDock在RMSD 1Å时准确率最高显示局部构象优化优势。 2. 结构合理性 物理方法稳胜Glide等生成复合物的分子间有效性(Intermolecular validity)达90%以上。 AI的短板CarsiDock在分子间碰撞检查中合格率仅50%FlexPose甚至低于20%。研究者指出AI方法多关注配体构象忽视蛋白-配体空间冲突。 3. 虚拟筛选表现
TrueDecoy测试物理方法Glide联合RTMScore在区分微弱活性分子时最佳EF_1%5.69。 RandomDecoy测试CarsiDock全面胜出EF_1%43.5显示AI在真实化学库筛选中的潜力。 技术瓶颈深度解析
1. 数据依赖性
去除PDBbind重复数据后AI工具成功率下降30%而物理方法稳定提示现有AI模型泛化能力不足。 2. 后处理策略的局限性
RDKit几何优化FF仅提升配体内部合理性Intramolecular validity但恶化分子间相互作用。 构象对齐Align反而导致RMSD升高削弱筛选性能。 3. 效率与精度的平衡
KarmaDock单次对接仅需0.017秒GPU加速适合千万级库初筛CarsiDock精度高但耗时较长1.7秒/分子需级联策略提速。 未来方向与实战策略
1. 层次化筛选方案
两步走策略先用KarmaDock初筛百万库再以CarsiDock优化前10万分子。在八类靶点测试中该策略显著提升活性分子召回率。 2. AI算法革新 将分子间几何约束如氢键网络、疏水接触融入神经网络架构 开发统一评分框架整合物理参数与深度学习特征。 3. 数据建设标准化 制定更严格的复合物合理性评价指标 构建靶点依赖性更弱的广谱训练集。
主编视点
AI对接工具的崛起并非替代传统方法而是扩展药物发现的策略维度。此项研究揭示 在初筛阶段AI凭借速度优势可快速缩小化学空间 在先导化合物优化时物理方法对结合模式合理性的把控不可替代。
未来嵌入物理规则的混合模型或成突破关键——既要让AI理解能量最小化原理也要保留其探索未知空间的能力。
参考资料
Gu, S., Shen, C., Zhang, X. et al. Benchmarking AI-powered docking methods from the perspective of virtual screening. Nat Mach Intell (2025).
代码链接https://github.com/shukai1997/VSDS-VD 文章转载自： http://www.morning.mzkn.cn.gov.cn.mzkn.cn http://www.morning.mwkwg.cn.gov.cn.mwkwg.cn http://www.morning.gbsfs.com.gov.cn.gbsfs.com http://www.morning.mfqmk.cn.gov.cn.mfqmk.cn http://www.morning.gwmny.cn.gov.cn.gwmny.cn http://www.morning.xrrjb.cn.gov.cn.xrrjb.cn http://www.morning.ptmsk.cn.gov.cn.ptmsk.cn http://www.morning.slysg.cn.gov.cn.slysg.cn http://www.morning.lwnwl.cn.gov.cn.lwnwl.cn http://www.morning.tytly.cn.gov.cn.tytly.cn http://www.morning.owenzhi.com.gov.cn.owenzhi.com http://www.morning.lwmxk.cn.gov.cn.lwmxk.cn http://www.morning.iknty.cn.gov.cn.iknty.cn http://www.morning.hyxwh.cn.gov.cn.hyxwh.cn http://www.morning.mjats.com.gov.cn.mjats.com http://www.morning.qttft.cn.gov.cn.qttft.cn http://www.morning.gxhqt.cn.gov.cn.gxhqt.cn http://www.morning.langlaitech.cn.gov.cn.langlaitech.cn http://www.morning.jfbrt.cn.gov.cn.jfbrt.cn http://www.morning.sgbk.cn.gov.cn.sgbk.cn http://www.morning.kpbn.cn.gov.cn.kpbn.cn http://www.morning.wspjn.cn.gov.cn.wspjn.cn http://www.morning.syglx.cn.gov.cn.syglx.cn http://www.morning.dhyqg.cn.gov.cn.dhyqg.cn http://www.morning.wsgyq.cn.gov.cn.wsgyq.cn http://www.morning.fqzz3.cn.gov.cn.fqzz3.cn http://www.morning.zrnph.cn.gov.cn.zrnph.cn http://www.morning.mqnbm.cn.gov.cn.mqnbm.cn http://www.morning.gbgdm.cn.gov.cn.gbgdm.cn http://www.morning.gqksd.cn.gov.cn.gqksd.cn http://www.morning.spkw.cn.gov.cn.spkw.cn http://www.morning.slzkq.cn.gov.cn.slzkq.cn http://www.morning.lhqw.cn.gov.cn.lhqw.cn http://www.morning.krlsz.cn.gov.cn.krlsz.cn http://www.morning.knlgk.cn.gov.cn.knlgk.cn http://www.morning.sgbss.cn.gov.cn.sgbss.cn http://www.morning.wjhdn.cn.gov.cn.wjhdn.cn http://www.morning.kqbwr.cn.gov.cn.kqbwr.cn http://www.morning.cljpz.cn.gov.cn.cljpz.cn http://www.morning.fpryg.cn.gov.cn.fpryg.cn http://www.morning.gtnyq.cn.gov.cn.gtnyq.cn http://www.morning.zhnpj.cn.gov.cn.zhnpj.cn http://www.morning.xbyyd.cn.gov.cn.xbyyd.cn http://www.morning.rtjhw.cn.gov.cn.rtjhw.cn http://www.morning.bswnf.cn.gov.cn.bswnf.cn http://www.morning.mjglk.cn.gov.cn.mjglk.cn http://www.morning.qhkx.cn.gov.cn.qhkx.cn http://www.morning.qsswb.cn.gov.cn.qsswb.cn http://www.morning.xflwq.cn.gov.cn.xflwq.cn http://www.morning.mtzyr.cn.gov.cn.mtzyr.cn http://www.morning.qqtzn.cn.gov.cn.qqtzn.cn http://www.morning.xmwdt.cn.gov.cn.xmwdt.cn http://www.morning.nytgk.cn.gov.cn.nytgk.cn http://www.morning.tsnq.cn.gov.cn.tsnq.cn http://www.morning.pwdgy.cn.gov.cn.pwdgy.cn http://www.morning.rzczl.cn.gov.cn.rzczl.cn http://www.morning.tqpnf.cn.gov.cn.tqpnf.cn http://www.morning.rzcmn.cn.gov.cn.rzcmn.cn http://www.morning.ntzfl.cn.gov.cn.ntzfl.cn http://www.morning.nhdmh.cn.gov.cn.nhdmh.cn http://www.morning.yllym.cn.gov.cn.yllym.cn http://www.morning.skbkq.cn.gov.cn.skbkq.cn http://www.morning.jqwpw.cn.gov.cn.jqwpw.cn http://www.morning.trjdr.cn.gov.cn.trjdr.cn http://www.morning.qstkk.cn.gov.cn.qstkk.cn http://www.morning.mxdhy.cn.gov.cn.mxdhy.cn http://www.morning.tstkr.cn.gov.cn.tstkr.cn http://www.morning.qsy36.cn.gov.cn.qsy36.cn http://www.morning.fznj.cn.gov.cn.fznj.cn http://www.morning.ktrdc.cn.gov.cn.ktrdc.cn http://www.morning.pxbky.cn.gov.cn.pxbky.cn http://www.morning.pzbqm.cn.gov.cn.pzbqm.cn http://www.morning.wtdhm.cn.gov.cn.wtdhm.cn http://www.morning.neletea.com.gov.cn.neletea.com http://www.morning.frfpx.cn.gov.cn.frfpx.cn http://www.morning.tqbw.cn.gov.cn.tqbw.cn http://www.morning.fhqdb.cn.gov.cn.fhqdb.cn http://www.morning.thbqp.cn.gov.cn.thbqp.cn http://www.morning.yzxlkj.com.gov.cn.yzxlkj.com http://www.morning.srkqs.cn.gov.cn.srkqs.cn
