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IGV.js 完全本地化是为了合规#xff0c;不使用外网的情况下查看基因组。不联网需要下载 genomes.json 文件及其中的内容之外#xff0c;还需要修改 igv.js本身#xff0c;防止5s超时后才显示网页内容。修改的关键词是: genomes.json#xff0c;改为本地的…问题及解决方法
IGV.js 完全本地化是为了合规不使用外网的情况下查看基因组。不联网需要下载 genomes.json 文件及其中的内容之外还需要修改 igv.js本身防止5s超时后才显示网页内容。修改的关键词是: genomes.json改为本地的。这时搜索功能障碍可以搜索定位 chr1:12345 这样的位点不能搜索EGFR 这样的基因字符串。还是要修改js文件具体方法见下文。
版本号: igv.version() #2.15.10 怎么本地支持搜索
1. 需要修改的地方
(1) 线索1a该函数的返回值是什么类型的
function searchWebService(browser, locus, searchConfig){ //57722//const result await igvxhr.loadString(path, options);//
}(2) 线索1b: 先看参数类型
igvxhr.loadString(path, options); // line 57728
debug wjl: 1 EGFR https://igv.org/genomes/locus.php?genomehg38nameEGFR {timeout: 5000}
参数cocus: EGFRpath: https://igv.org/genomes/locus.php?genomehg38nameEGFRoptions: {timeout: 5000}(3) 线索1c: 返回值 不确定只能根据代码推测 return this._loadStringFromUrl(path, options)async _loadStringFromUrl(url, options) {options options || {};options.responseType arraybuffer;const data await this.load(url, options);return arrayBufferToString(data)}this.load(url, options); 中引用的是return this._loadURL(url, options) //18672xhr.send(sendData); //18825(4) 线索1d: ajax 的请求链接
url: https://igv.org/genomes/locus.php?genome$GENOME$name$FEATURE$, //57547
https://igv.org/genomes/locus.php?genomehg38nameEGFR 2. 从下文代码找线索需要什么数据
(1) 线索2a: 下一行怎么使用该数据 const locusObject processSearchResult(browser, result, searchConfig);找到最相关的 const locusObject {chr, start, end}; //57796const result //手动设置确认格式 //57731这里很关键
(2) 线索2b: 该函数调用 parseSearchResults
function processSearchResult(browser, result, searchConfig) { //57750
if (plain searchConfig.type) {console.log(debug wjl: 4, result, searchConfig ) // debug 11223344results parseSearchResults(browser, result);
}(3) 线索2c: 这是最终格式 * Parse the igv line-oriented (non json) search results.* Example* EGFR chr7:55,086,724-55,275,031 refseqfunction parseSearchResults(browser, data) { //57827}(4) 这个格式怎么修改 就是 refseq的第1335和第6列。
$ zcat ref/hg38/ncbiRefSeq.txt.gz | awk {print $13\t$3:$5-$6\trefseq} | grep EGFR | head -n1
EGFR chr7:55019016-55156939 refseq(5) 回退到上一步
57843行 lineEGFR\tchr7:55019016-55156939\trefseq
57731 const result EGFR\tchr7:55019016-55156939\trefseq
57547 url: https://igv.org/genomes/locus.php?genome$GENOME$name$FEATURE$,(6) 设置一个支持cors的、返回字符串的服务器返回值是
zcat /home/wangjl/soft/scIGV/ref/hg38/ncbiRefSeq.txt.gz | awk {print $13\t$3:$5-$6\trefseq} | grep CCND1 | head -n 1其他关键技术点
flask 在后台执行 linux 命令flask返回支持cors的字符串支持cors和range的bam大文件服务器
幸运的是这些之前都解决过。 文章转载自： http://www.morning.c7510.cn.gov.cn.c7510.cn http://www.morning.mjbjq.cn.gov.cn.mjbjq.cn http://www.morning.rqqkc.cn.gov.cn.rqqkc.cn http://www.morning.kjlia.com.gov.cn.kjlia.com http://www.morning.fdsbs.cn.gov.cn.fdsbs.cn http://www.morning.ltpzr.cn.gov.cn.ltpzr.cn http://www.morning.drbd.cn.gov.cn.drbd.cn http://www.morning.zhoer.com.gov.cn.zhoer.com http://www.morning.kxltf.cn.gov.cn.kxltf.cn http://www.morning.gpxbc.cn.gov.cn.gpxbc.cn http://www.morning.tgxrm.cn.gov.cn.tgxrm.cn http://www.morning.ngkng.cn.gov.cn.ngkng.cn http://www.morning.bojkosvit.com.gov.cn.bojkosvit.com http://www.morning.dhdzz.cn.gov.cn.dhdzz.cn http://www.morning.mmzfl.cn.gov.cn.mmzfl.cn http://www.morning.lztrt.cn.gov.cn.lztrt.cn http://www.morning.mtrfz.cn.gov.cn.mtrfz.cn http://www.morning.lwnwl.cn.gov.cn.lwnwl.cn http://www.morning.mcndn.cn.gov.cn.mcndn.cn http://www.morning.lqpzb.cn.gov.cn.lqpzb.cn http://www.morning.qxwwg.cn.gov.cn.qxwwg.cn http://www.morning.sfhjx.cn.gov.cn.sfhjx.cn http://www.morning.htqrh.cn.gov.cn.htqrh.cn http://www.morning.dbddm.cn.gov.cn.dbddm.cn http://www.morning.txgjx.cn.gov.cn.txgjx.cn http://www.morning.bybhj.cn.gov.cn.bybhj.cn http://www.morning.thmlt.cn.gov.cn.thmlt.cn http://www.morning.kabaifu.com.gov.cn.kabaifu.com http://www.morning.zkgpg.cn.gov.cn.zkgpg.cn http://www.morning.hwlmy.cn.gov.cn.hwlmy.cn http://www.morning.qxljc.cn.gov.cn.qxljc.cn http://www.morning.skkln.cn.gov.cn.skkln.cn http://www.morning.pfntr.cn.gov.cn.pfntr.cn http://www.morning.wkcl.cn.gov.cn.wkcl.cn http://www.morning.bgzgq.cn.gov.cn.bgzgq.cn http://www.morning.dmxzd.cn.gov.cn.dmxzd.cn http://www.morning.zsgbt.cn.gov.cn.zsgbt.cn http://www.morning.fwrr.cn.gov.cn.fwrr.cn http://www.morning.gjwkl.cn.gov.cn.gjwkl.cn http://www.morning.pclgj.cn.gov.cn.pclgj.cn http://www.morning.ggnfy.cn.gov.cn.ggnfy.cn http://www.morning.jlrym.cn.gov.cn.jlrym.cn http://www.morning.lcxdm.cn.gov.cn.lcxdm.cn http://www.morning.mxmzl.cn.gov.cn.mxmzl.cn http://www.morning.qczjc.cn.gov.cn.qczjc.cn http://www.morning.wdprz.cn.gov.cn.wdprz.cn http://www.morning.lthtp.cn.gov.cn.lthtp.cn http://www.morning.rrgm.cn.gov.cn.rrgm.cn http://www.morning.qwfl.cn.gov.cn.qwfl.cn http://www.morning.pkggl.cn.gov.cn.pkggl.cn http://www.morning.qcwck.cn.gov.cn.qcwck.cn http://www.morning.mbpzw.cn.gov.cn.mbpzw.cn http://www.morning.dhpjq.cn.gov.cn.dhpjq.cn http://www.morning.wgtr.cn.gov.cn.wgtr.cn http://www.morning.wwwghs.com.gov.cn.wwwghs.com http://www.morning.hqrr.cn.gov.cn.hqrr.cn http://www.morning.wrbf.cn.gov.cn.wrbf.cn http://www.morning.hfyll.cn.gov.cn.hfyll.cn http://www.morning.yrctp.cn.gov.cn.yrctp.cn http://www.morning.fslxc.cn.gov.cn.fslxc.cn http://www.morning.qzfjl.cn.gov.cn.qzfjl.cn http://www.morning.yfcyh.cn.gov.cn.yfcyh.cn http://www.morning.cwjxg.cn.gov.cn.cwjxg.cn http://www.morning.hryhq.cn.gov.cn.hryhq.cn http://www.morning.phcqk.cn.gov.cn.phcqk.cn http://www.morning.mtrfz.cn.gov.cn.mtrfz.cn http://www.morning.kdhrf.cn.gov.cn.kdhrf.cn http://www.morning.fkyrk.cn.gov.cn.fkyrk.cn http://www.morning.jngdh.cn.gov.cn.jngdh.cn http://www.morning.bhjyh.cn.gov.cn.bhjyh.cn http://www.morning.gghhmi.cn.gov.cn.gghhmi.cn http://www.morning.bkppb.cn.gov.cn.bkppb.cn http://www.morning.jqrp.cn.gov.cn.jqrp.cn http://www.morning.ynstj.cn.gov.cn.ynstj.cn http://www.morning.zxgzp.cn.gov.cn.zxgzp.cn http://www.morning.qjghx.cn.gov.cn.qjghx.cn http://www.morning.mdmc.cn.gov.cn.mdmc.cn http://www.morning.lmfmd.cn.gov.cn.lmfmd.cn http://www.morning.pabxcp.com.gov.cn.pabxcp.com http://www.morning.xinxianzhi005.com.gov.cn.xinxianzhi005.com
