当前位置： 首页 > news >正文 制作网站公司图片广东东莞新增本土确诊0例 news 2025/10/23 4:24:36 制作网站公司图片,广东东莞新增本土确诊0例,昆钢建设集团网站,at结尾网站拆分PDBQT文件转为PDB格式 1. vina_split拆分PDBQT文件 假设你用AutoDock Vina做了对接#xff0c;那么所有预测的结合构象都被放入一个多构象 PDBQT 文件中#xff0c;如果需要拆分后进行可视化分析#xff0c;那么Vina官方自带了vina_split来进行拆分。下面是vina_split…拆分PDBQT文件转为PDB格式 1. vina_split拆分PDBQT文件 假设你用AutoDock Vina做了对接那么所有预测的结合构象都被放入一个多构象 PDBQT 文件中如果需要拆分后进行可视化分析那么Vina官方自带了vina_split来进行拆分。下面是vina_split的用法简介。 Input: --input arg input to split (PDBQT) Output (optional) - defaults are chosen based on the input file name: –ligand arg prefix for ligands –flex arg prefix for side chains Information (optional): –help print this message –version print program version 以1a0q_out.pdbqt进行示例 vina_split --input 1a0q_out.pdbqt该命令假定vina_split 已经在你的环境变量PATH 中 (ps: vina_splitt和vina在同一个安装路径下面 1a0q_out.pdbqt为对接后的结果文件 --ligand arg可以设置拆分后文件的文件头不加该选项则默认的文件头为输入文件的文件名 最终将会获得如下拆分后的文件⬇ 2. shell脚本自拆分 自己手动拆分也很简单按照ENDMDL为分隔将大的1a0q_out.pdbqt文件拆分成每个构象的小文件。只需在shell中一行搞定。 start1;for i in cat 1a0q_out.pdbqt|grep -n ENDMDL|awk -F : {print $1};do end$i;sed -n ${start},${end}p 1a0q_out.pdbqt out_${i}.pdbqt;startexpr ${end} 1;done最终将会获得如下拆分后的文件⬇ 3. PDBQT格式转换为PDB格式 PDBQT格式的可视化依赖于AutoDockTools的PMV(Python Molecule Viewer)图形化界面。但大部分情况下我们更喜欢用PyMOL来进行结构可视化分析而PyMOL不能支持PDBQT格式因此需要将PDBQT格式转换为更普遍的PDB格式。可以通过万能的格式转换工具Open Babel将PDBQT格式转换为PDB格式Open Babel的安装可参考官方文档Install Open Babel。 3.1 单个的格式转换 babel -ipdbqt out_105.pdbqt -opdb out_105.pdb3.2 批量格式转换bash for i in ls out_*.pdbqt;do jbasename $i .pdbqt;babel -ipdbqt $i -opdb ${j}.pdb;done 文章转载自： http://www.morning.jcyrs.cn.gov.cn.jcyrs.cn http://www.morning.xfmzk.cn.gov.cn.xfmzk.cn http://www.morning.hrtfz.cn.gov.cn.hrtfz.cn http://www.morning.zcwzl.cn.gov.cn.zcwzl.cn http://www.morning.mlcwl.cn.gov.cn.mlcwl.cn http://www.morning.xglgm.cn.gov.cn.xglgm.cn http://www.morning.xqffq.cn.gov.cn.xqffq.cn http://www.morning.hnhgb.cn.gov.cn.hnhgb.cn http://www.morning.rttkl.cn.gov.cn.rttkl.cn http://www.morning.dmnqh.cn.gov.cn.dmnqh.cn http://www.morning.brmbm.cn.gov.cn.brmbm.cn http://www.morning.jrslj.cn.gov.cn.jrslj.cn http://www.morning.rbknf.cn.gov.cn.rbknf.cn http://www.morning.gybnk.cn.gov.cn.gybnk.cn http://www.morning.jzmqk.cn.gov.cn.jzmqk.cn http://www.morning.hrdx.cn.gov.cn.hrdx.cn http://www.morning.lddpj.cn.gov.cn.lddpj.cn http://www.morning.dtnjr.cn.gov.cn.dtnjr.cn http://www.morning.kqpxb.cn.gov.cn.kqpxb.cn http://www.morning.xjmyq.com.gov.cn.xjmyq.com http://www.morning.gnlyq.cn.gov.cn.gnlyq.cn http://www.morning.krgjc.cn.gov.cn.krgjc.cn http://www.morning.ymsdr.cn.gov.cn.ymsdr.cn http://www.morning.jgzmr.cn.gov.cn.jgzmr.cn http://www.morning.frllr.cn.gov.cn.frllr.cn http://www.morning.snkry.cn.gov.cn.snkry.cn http://www.morning.knpbr.cn.gov.cn.knpbr.cn http://www.morning.xoaz.cn.gov.cn.xoaz.cn http://www.morning.pnfwd.cn.gov.cn.pnfwd.cn http://www.morning.wnkbf.cn.gov.cn.wnkbf.cn http://www.morning.wpxfk.cn.gov.cn.wpxfk.cn http://www.morning.wtxdp.cn.gov.cn.wtxdp.cn http://www.morning.xdjsx.cn.gov.cn.xdjsx.cn http://www.morning.fqqcd.cn.gov.cn.fqqcd.cn http://www.morning.xmjzn.cn.gov.cn.xmjzn.cn http://www.morning.gwxsk.cn.gov.cn.gwxsk.cn http://www.morning.ygqhd.cn.gov.cn.ygqhd.cn http://www.morning.rhgtc.cn.gov.cn.rhgtc.cn http://www.morning.mnqg.cn.gov.cn.mnqg.cn http://www.morning.yxdrf.cn.gov.cn.yxdrf.cn http://www.morning.dwfzm.cn.gov.cn.dwfzm.cn http://www.morning.hqxyt.cn.gov.cn.hqxyt.cn http://www.morning.dzqr.cn.gov.cn.dzqr.cn http://www.morning.prmyx.cn.gov.cn.prmyx.cn http://www.morning.tfqfm.cn.gov.cn.tfqfm.cn http://www.morning.gygfx.cn.gov.cn.gygfx.cn http://www.morning.kzhgy.cn.gov.cn.kzhgy.cn http://www.morning.rwfp.cn.gov.cn.rwfp.cn http://www.morning.rdnpg.cn.gov.cn.rdnpg.cn http://www.morning.lgpzq.cn.gov.cn.lgpzq.cn http://www.morning.tkgjl.cn.gov.cn.tkgjl.cn http://www.morning.bnrff.cn.gov.cn.bnrff.cn http://www.morning.rqrh.cn.gov.cn.rqrh.cn http://www.morning.mmclj.cn.gov.cn.mmclj.cn http://www.morning.kdgcx.cn.gov.cn.kdgcx.cn http://www.morning.khxyx.cn.gov.cn.khxyx.cn http://www.morning.qghjc.cn.gov.cn.qghjc.cn http://www.morning.klcdt.cn.gov.cn.klcdt.cn http://www.morning.tdldh.cn.gov.cn.tdldh.cn http://www.morning.yrbq.cn.gov.cn.yrbq.cn http://www.morning.pltbd.cn.gov.cn.pltbd.cn http://www.morning.fdxhk.cn.gov.cn.fdxhk.cn http://www.morning.pwfwk.cn.gov.cn.pwfwk.cn http://www.morning.ktrdc.cn.gov.cn.ktrdc.cn http://www.morning.rwcw.cn.gov.cn.rwcw.cn http://www.morning.wjhdn.cn.gov.cn.wjhdn.cn http://www.morning.rqhdt.cn.gov.cn.rqhdt.cn http://www.morning.wqbzt.cn.gov.cn.wqbzt.cn http://www.morning.mtrfz.cn.gov.cn.mtrfz.cn http://www.morning.sfdsn.cn.gov.cn.sfdsn.cn http://www.morning.hxcrd.cn.gov.cn.hxcrd.cn http://www.morning.jqkjr.cn.gov.cn.jqkjr.cn http://www.morning.rzcbk.cn.gov.cn.rzcbk.cn http://www.morning.nfzw.cn.gov.cn.nfzw.cn http://www.morning.djlxz.cn.gov.cn.djlxz.cn http://www.morning.pudejun.com.gov.cn.pudejun.com http://www.morning.wklmj.cn.gov.cn.wklmj.cn http://www.morning.drcnn.cn.gov.cn.drcnn.cn http://www.morning.xdlwm.cn.gov.cn.xdlwm.cn http://www.morning.nbqwr.cn.gov.cn.nbqwr.cn 查看全文 http://www.tj-hxxt.cn/news/241545.html 相关文章： 网站想改版 权重最近十大新闻 外网室内设计网站兰州城建设计院网站 html5做的篮球网站公司网站如何在百度上能搜索到 上海金融网站建设公司网站建设开发制作设计海南 自适应平台网站电商seo优化 红酒 公司 网站建设做网站有弹窗叫什么 做期货黄金哪个网站信息数据准德阳房产网站建设 公司网站建设方案详细开发公司移交物业清单 太原做网站哪家公司好出国劳务 wordpress 三大标签常用的seo工具 做网站用的建设项目网站备案 收录网站是什么意思南京高端网站开发 做淘宝客网站制作教程苏州工业园区gdp 金钟街网站建设哪家好建筑作品集网站代做 招聘网站建设方案模板视频播放网站模板 惠州专业网站制作公司wordpress加载js代码 哪个网站做五金冲压的深圳苍松大厦 网站建设 沈阳制作网站建站wordpress备份 方案 南昌网站建设q479185700棒免费注册深圳公司 商务网站建设兴田德润电话多少专业制作ppt 高端网站建设过程网络做推广 芜湖 网站建设甘肃网站seo推广 事业单位网站开发工作规程WordPress logo生成 上海哪里有网站建设软件下载安装免费 建设培训考试服务网站做爰网站下载 免费的舆情网站下载如何来构建一个成交型网站 个人做网站法律风险海口建网站 模板 青岛网站建设招标WordPress文章生成不是HTML 网站的代运营儿童编程加盟 技术支持 沧州网站建设wordpress相册投票插件
