当前位置： 首页 > news >正文 包头整站优化wordpress主题百度云 news 2025/10/21 21:12:01 包头整站优化,wordpress主题百度云,沈阳男科医院去哪里,中国生意网以后要研究的是人工智能与生物信息的结合#xff0c;最近在看一篇论文的时候#xff0c;用到了生物数据库Drug Bank#xff0c;目前对Drug Bank了解还比较少#xff0c;看了一下官网#xff0c;做一下简单介绍。DrugBank数据库是一个综合的数据库#xff0c;里面对于药物… 以后要研究的是人工智能与生物信息的结合最近在看一篇论文的时候用到了生物数据库Drug Bank目前对Drug Bank了解还比较少看了一下官网做一下简单介绍。DrugBank数据库是一个综合的数据库里面对于药物的介绍很详细但对于交叉以后应该主要用到的是数据集的下载。下文中如有表述不当的欢迎指出。 一、搜索 主页的搜索包括四种分别为“Drugs(药品名)”、“Targets(靶点)”、“Pathways(作用途径)”、“Indications(适应症)”。 我们搜索一个药物吗啡Morphine。打开后界面如图所示在这里我们可以获得药物的基本信息下面简单介绍一下前三种所展示的药物的详细内容。 1、IDENTIFICATION(识别) 包括如下图所示的内容我们可以了解 Summary(综述对药品的简单概括) Brand Names(品牌) Generic Name(通用名)DrugBank Accession Number(在这里我理解为编号) Background(背景介绍), Type(下图所示的是小分子), Groups(组别下图所示的是批准可临床实验的) Structure(结构), Chemical Formula(化学分子式) 2、PHARMACOLOGY(药理学) 这一部分包括有药效学、作用机理、吸收性、分布量、蛋白质结合、代谢、消除途径、半衰期、清除率、毒性、通路、药物基因组效应等。 3、INTERACTIONS(相互作用) 和其他药物的相互作用以及产生的后果等详细介绍。 二、Browse(浏览) 分为小分子药物、生物技术药物。 右侧是筛选项包括是否批准Approved,保健品Nutraceutical违禁药Illicit研究药物Investigational撤回药物Withdrawm,实验药物experimental。 选择小分子药物如下图显示所包括的小分子。 截止到2022年5月有2727个经过批准的小分子药物。 截止到2022年5月有1399个经过批准的生物技术药物。 三、Download(下载) 所有的数据集都是可以下载的但是下载需要申请填写一个基本的下载申请问卷。 不同内容下载格式不同完整版是xml结构体是SDF外部链接是CSV蛋白质标识符是CSV目标序列是FASTA。 1、COMPLETE DATABASE完整数据集 完整数据集下载的是xml格式。 2、STRUCTURES(结构体) 结构体数据集下载的是SDF格式页面往下化也有外部链接是对应的CSV格式。 3、EXTERNAL LINKS(外部药物链接) 下面还含有: Target Drug-UniProt Links(靶标Drug-UniProt链接) Enzyme Drug-UniProt Links(酶Drug-UniProt链接) Carrier Drug-UniProt Links(载体Drug-UniProt链接) Transporter Drug-UniProt Links(运输机Drug-UniProt链接) 4、PROTEIN IDENTIFIERS(蛋白质标识符) 下载的数据集是CSV格式 蛋白质标识符包括外部资源的id如UniProt和PDB。这些下载首先按蛋白质/化合物类型(目标转运体等)进行划分。其次它们按药物类别划分(合法、非法等)。每个档案包含2个文件:一个针对所有靶标/酶/转运体/载体另一个仅针对标记为药理活性(与至少一种相关药物的作用机制直接相关)的文件。导出CSV文件中的每一行还包括一个连接的DrugBank药品id列表(以分号分隔)作为最后一列。 所包括的是 Drug Target Identifiers(药物靶标标识符) Drug Enzyme Identifiers(药物酶标识符) Drug Carrier Identifiers(药物载体标识符) Drug Transporter Identifiers(药物转运体标识符) 5、TARGET SEQUENCES(目标序列) 下载的数据集是FASTA格式 所包括的是 Drug Target Sequences(药物靶标序列) Drug Enzyme Sequences(药物酶序列) Drug Carrier Sequences(药物载体序列) Drug Transporter Sequences(药物转运体序列) 四、Drug Bank数据处理 我对于数据预处理部分还是有很多不懂的地方因此参考了很多链接。 1、XML的文件解析输出的是CSV格式的数据文章内有代码。 https://zhuanlan.zhihu.com/p/347900976 2、XML的文件解析采用的是先转换为json格式处理json文件提取信息存成CSV格式。 https://zhuanlan.zhihu.com/p/456252080 文章转载自： http://www.morning.rnxs.cn.gov.cn.rnxs.cn http://www.morning.lmhwm.cn.gov.cn.lmhwm.cn http://www.morning.mspkz.cn.gov.cn.mspkz.cn http://www.morning.kztts.cn.gov.cn.kztts.cn http://www.morning.phgz.cn.gov.cn.phgz.cn http://www.morning.brlcj.cn.gov.cn.brlcj.cn http://www.morning.fxjnn.cn.gov.cn.fxjnn.cn http://www.morning.kjcfz.cn.gov.cn.kjcfz.cn http://www.morning.wyppp.cn.gov.cn.wyppp.cn http://www.morning.stfdh.cn.gov.cn.stfdh.cn http://www.morning.kdpal.cn.gov.cn.kdpal.cn http://www.morning.zbtfz.cn.gov.cn.zbtfz.cn http://www.morning.dfffm.cn.gov.cn.dfffm.cn http://www.morning.mkhwx.cn.gov.cn.mkhwx.cn 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http://www.tj-hxxt.cn/news/237862.html 相关文章： 天津企业网站开发广州最新新闻 如何用电脑做网站服务器吗那些是flash做的网站 小学微机作业做网站即商通网站建设推广 网站可访问性项目推广方案 装修平台网站北京城乡建设网站首页 无锡网站排名优化报价中国和住房城乡建设部网站 市政工程建设规范免费下载网站房产局网站建设方案 帝国cms怎样做网站迁移中国互联网百强企业名单 网站自创有源代码如何做网站 北京专业快速建站制作做标书的专业网站 建设项目所在地公共媒体网站网站代理违法吗 石家庄公司建设网站中国制造网效果怎么样 江西建设厅网站查询施工员成都建筑网站建设 在线a视频网站一级a做爰片做网站设计素材 青岛做网站推广公司营销型网站和传统网站区别 潍坊市企业网站建设福田网站推广 网站转移空间做外贸网站有哪些 广东宏昌建设有限公司网站上海电子商城网站 聊城城乡建设局网站建设厅网站沙场限期通知书 做网站 所需资源网站开发和数据库的关系 免费培训学校网站源码外包seo服务口碑好 企业网站建设原则网站建设管理典型经验 怎么用织梦做本地网站汉中住房和城乡建设部网站 奉贤青岛网站建设iis5.1发布网站 网站头部修改游戏开发比网站开发 建设培训学校网站郴州最大的网络科技公司 太原网站建设制作西安未央区网站建设 南平摩托车罚款建设网站缴费wordpress ua 样asp.net做网站网站设计服务商 网站模块插件是怎么做的推销什么企业做网站和app6
