网站开发及流行框架,thinkphpcmf网站开发,前端编程工程师培训,邢台市住建局3. 构建 LAMMPS
3.6.在构建中包含软件包
在 LAMMPS 中#xff0c;包是一组启用一组特定功能的文件。例如#xff0c;分子系统的力场或刚体约束都在封装中。在 src 目录中#xff0c;每个包都是一个子目录#xff0c;包名称为大写字母。
包文档页面上给出了包的概述。每…3. 构建 LAMMPS
3.6.在构建中包含软件包
在 LAMMPS 中包是一组启用一组特定功能的文件。例如分子系统的力场或刚体约束都在封装中。在 src 目录中每个包都是一个子目录包名称为大写字母。
包文档页面上给出了包的概述。每个包的简要概述位于包详细信息页面上。
构建 LAMMPS 时您可以选择包含或排除每个包。一般来说如果您从不打算使用某个包的功能则无需包含该包。
如果您收到 LAMMPS 命令或样式“未知”的运行时错误通常是因为该命令包含在某个包中而您的构建不包含该包。如果命令或样式在 LAMMPS 发行版中包含的包中可用则错误消息将指示需要哪个包。使用 -h 命令行开关运行 LAMMPS 将打印构建该可执行文件时启用的所有可选命令和包。
对于大多数软件包如果您按照以下步骤将其包含在内那么您就可以像不安装任何软件包一样构建 LAMMPS。一些包可能需要额外的步骤如构建附加页面上所述。
这些链接将带您访问这些选定软件包的额外说明 ADIOS ATC AWPMD COLVARS COMPRESS ELECTRODE GPU H5MD INTEL KIM KOKKOS LEPTON MACHDYN MDI ML-HDNNP ML-IAP ML-PACE ML-POD ML-QUIP MOLFILE NETCDF OPENMP OPT PLUMED POEMS PYTHON QMMM SCAFACOS VORONOI VTK
包含包的机制很简单但 CMake 与 make 不同。
CMake构建
-D PKG_NAMEvalue # yes or no (default)
例如
-D PKG_MANYBODYyes
-D PKG_INTELyes
所有包都以相同的方式包含在内。请参阅下面的快捷方式部分了解如何使用 CMake 一次安装多个包。
注如果您在使用 CMake 构建和 make 构建之间切换则当您调用 cmake 时无法安装 src 目录中的任何包。如果不是这种情况CMake 将给出错误指示如何卸载 src 目录中的所有包。
传统make
cd lammps/src
make ps # check which packages are currently installed
make yes-name # install a package with name
make no-name # uninstall a package with name
make mpi # build LAMMPS with whatever packages are now installed例如
make no-rigid
make yes-intel
所有包都以相同的方式包含在内。请参阅下面的快捷方式部分了解如何使用 make 一次安装多个软件包。
注在安装或卸载软件包后您必须始终重新构建 LAMMPS通过 make以使操作生效。包含的依赖项跟踪将确保仅重新编译需要重建的文件。 注您无法在具有多个目标的单个 make 命令中安装或卸载软件包并构建 LAMMPS例如 make yes-colloid mpi 。这是因为 make 过程创建了一个源文件列表如果包配置在同一命令中发生更改这些源文件对于构建来说将是过时的。您可以在单个 make 命令中包含或排除多个包例如 make yes-colloid no-manybody 。 3.6.1.两个构建系统的信息
几乎所有包都可以包含或排除在 LAMMPS 构建中独立于其他包。但是某些包包含从其他包中的文件派生的文件。 LAMMPS 检查这一点并做正确的事情。仅当已包含单个文件的依赖项时才会包含这些文件。同样如果排除某个包则依赖于该包的其他文件也会被排除。
注默认情况下不安装任何软件包。然而在 2018 年 8 月之前如果您下载了 tarball则会通过传统的 make 过程在 src 目录中预安装 3 个软件包KSPACE、MANYBODY、MOLECULE。现在情况已不再如此因此 CMake 将按原样构建无需卸载这些包。
3.6.2.用于安装多个软件包的 CMake 预设
CMake 允许使用脚本文件初始化其设置缓存而不是通过命令行指定所有 CMake 选项。这些是常规 CMake 文件可以操作和设置 CMake 变量代表所选选项还可以包含用于更复杂操作的控制流结构。
LAMMPS 包含多个文件来定义配置“预设”类似于基于 Make 的系统中存在的选项。使用这些文件您可以启用/禁用 LAMMPS 中可用包的部分内容。如果您需要自定义预设可以复制其中之一并进行修改以满足您的需求。
cmake -C ../cmake/presets/basic.cmake [OPTIONS] ../cmake # enable just a few core packages
cmake -C ../cmake/presets/most.cmake [OPTIONS] ../cmake # enable most packages
cmake -C ../cmake/presets/download.cmake [OPTIONS] ../cmake # enable packages which download sources or potential files
cmake -C ../cmake/presets/nolib.cmake [OPTIONS] ../cmake # disable packages that do require extra libraries or tools
cmake -C ../cmake/presets/clang.cmake [OPTIONS] ../cmake # change settings to use the Clang compilers by default
cmake -C ../cmake/presets/gcc.cmake [OPTIONS] ../cmake # change settings to use the GNU compilers by default
cmake -C ../cmake/presets/intel.cmake [OPTIONS] ../cmake # change settings to use the Intel compilers by default
cmake -C ../cmake/presets/pgi.cmake [OPTIONS] ../cmake # change settings to use the PGI compilers by default
cmake -C ../cmake/presets/all_on.cmake [OPTIONS] ../cmake # enable all packages
cmake -C ../cmake/presets/all_off.cmake [OPTIONS] ../cmake # disable all packages
mingw64-cmake -C ../cmake/presets/mingw-cross.cmake [OPTIONS] ../cmake # compile with MinGW cross-compilers
cmake -C ../cmake/presets/macos-multiarch.cmake [OPTIONS] ../cmake # compile serial multi-arch binaries on macOS
名称以“windows”开头的预设专门用于在 Windows 上本地编译 LAMMPS而名称以“kokkos”开头的预设专门用于选择使用 KOKKOS 编译 LAMMPS 的配置。
注以这种方式运行 cmake 可以操作当前构建目录中的 CMake 设置缓存。您可以在一次 cmake 运行中组合多个预设和选项或者通过使用新标志运行 cmake 来增量更改设置。如果您使用礼物来选择一组编译器它将重置之前 CMake 运行的所有设置。
示例
# build LAMMPS with most commonly used packages, but then remove
# those requiring additional library or tools, but still enable
# GPU package and configure it for using CUDA. You can run.
mkdir build
cd build
cmake -C ../cmake/presets/most.cmake -C ../cmake/presets/nolib.cmake -D PKG_GPUon -D GPU_APIcuda ../cmake# to add another package, say BODY to the previous configuration you can run:
cmake -D PKG_BODYon .# to reset the package selection from above to the default of no packages
# but leaving all other settings untouched. You can run:
cmake -C ../cmake/presets/all_off.cmake .
3.6.3.创建安装多个软件包的快捷方式
在通过传统 make 构建 LAMMPS 时以下命令对于管理包源文件及其安装非常有用。只需在 lammps/src 中输入 make 即可查看一行摘要。
这些命令安装/卸载软件包集
make yes-all # install all packages
make no-all # check for changes and uninstall all packages
make no-installed # only check and uninstall installed packages
make yes-basic # install a few commonly used packages
make no-basic # remove a few commonly used packages
make yes-most # install most packages w/o libs
make no-most # remove most packages w/o libs
make yes-lib # install packages that require extra libraries
make no-lib # uninstall packages that require extra libraries
make yes-ext # install packages that require external libraries
make no-ext # uninstall packages that require external libraries
它安装/卸载各种包集。输入 make package 将列出所有这些命令。
注安装或卸载基于 make 的构建过程的包只需在主源目录 src 和具有包名称的子目录例如 src/KSPACE、src/ATC之间来回复制文件即可以便包含或删除这些文件LAMMPS 构建时排除。仅编译 src 文件夹中的源文件。
以下 make 命令帮助管理 src 目录和包子目录中存在的文件。通常不需要使用这些命令除非您正在编辑 LAMMPS 文件或通过 git 更新 LAMMPS。
键入 make package-status 或 make ps 以显示当前安装的软件包。对于已安装的文件它将列出 src 目录和包子目录中的所有不同文件。键入 make package-installed 或 make pi 以显示当前安装了哪些软件包而不列出未安装的软件包的状态。如果安装了软件包请键入 make package-update 或 make pu 以使用软件包子目录中的文件覆盖 src 文件。它应该在使用 git 更新或更改结帐后使用这只会更新包子目录中的文件但不会更新 src 文件夹中的副本。键入 make package-overwrite 以使用 src 文件覆盖包子目录中的文件。键入 make package-diff 以列出源目录和包目录中的文件对之间的所有差异。
